胃癌是高度异质性的，胃癌患者的总体生存率较低。预测胃癌患者的预后也具有一定难度，部分原因是因为我们对该疾病中与预后相关的代谢途径知之甚少。因此，我们的目标是通过在胃癌肿瘤样本中核心代谢途径活性的变化基础上，鉴定与预后相关的胃癌亚型和基因。使用基因集变异分析（GSVA）分析胃癌患者代谢途径活性的差异，并通过非负矩阵分解（NMF）确定三种临床亚型。基于我们的分析，亚型1表现出最佳预后，而亚型3则表现出最差的预后。我们发现三个亚型之间基因表达有显著差异，从中我们确定了一个新的进化驱动基因CNBD1。此外，我们使用 LASSO和随机森林算法鉴定了11个与代谢相关的基因来构建预后模型，并使用 qRT-PCR 在5个胃癌患者的配对组织中验证了结果。该模型在 GSE84437和 GSE26253 队列中的效果和鲁棒性都得到了验证，并且多元 Cox 回归分析的结果证实了11个基因签名是一个独立的预后预测因子（p<0.0001，HR = 2.8，95% CI 2.1-3.7）。该标记与肿瘤相关免疫细胞浸润有关。总之，我们的工作鉴定了不同胃癌亚型中与预后相关的重要代谢途径，并为胃癌亚型预后评估提供了新的见解。版权所有©2023 陈，赵，陈，金，黄，朱，戴，袁，陈，唐，陈，林，艾，吴，陈和秦。

背景：基底膜（BMs）参与肿瘤进展，但目前对BM相关基因在肺腺癌（LUAD）中的作用缺乏全面分析。因此，我们旨在开发一种基于BM相关基因谱的LUAD新型预后模型。 方法：从基底膜BASE、癌症基因组图谱（TCGA）和基因表达小组（GEO）数据库获取LUAD BM相关基因谱和相应临床病理数据。使用Cox回归和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）方法构建一个基于BM的风险签名。生成协调指数（C-index）、受试者工作特征曲线（ROC）和校准曲线来评估名图。使用GSE72094数据集验证签名的预测能力。根据风险分数比较功能富集、免疫浸润和药物敏感性分析的差异。 结果：在TCGA训练队列中发现10个BMs相关基因，（例如ACAN、ADAMTS15、ADAMTS8、BCAN等）。基于这10个基因的信号签名根据存活差异分成高危和低危组（p＜0.001）。多变量分析表明，联合10个BM相关基因的签名是独立的预后预测因子。GSE72094验证队列的基于BM的签名的预测价值得到进一步验证。GEO验证、C-index和ROC曲线显示名图具有准确的预测性能。功能分析表明BM主要富集于胞外基质-受体（ECM受体）相互作用。此外，BM基础模型与免疫检查点有关。 结论：本研究确定了基于BM的风险签名基因，并证明了它们在预测LUAD患者的预后和指导个体化治疗方面的能力。版权所有©2023 Zhu, Liu, Qiu, Niu, Dong and Song。

背景：肺硬化性肺泡细胞瘤（PSP）是一种罕见的肺部肿瘤，具有低恶性潜能，主要影响女性。PSP的初步研究主要集中在分析利用常规X射线或CT成像发现的特征上。近年来，由于下一代测序（NGS）的广泛应用，PSP在分子水平上的研究已经出现。方法：进行了涉及基因组学、放射组学和病理组学的分析方法。基因组学研究包括DNA和RNA分析。 DNA分析包括患者的肿瘤和生殖系组织，涉及目标面板测序和拷贝数分析。RNA分析包括肿瘤和相邻正常组织，涉及表达突变、基因差异表达、基因融合和分子途径的研究。放射组学方法被用于临床成像研究，病理组学技术被应用于肿瘤全切片图像。结果：生成了涉及50多个基因组分析的综合分子分析项目，对该罕见的肺部新生物的16个测序数据集进行详细的放射组学和病理组学分析，以揭示患者肿瘤的发病机理和分子行为。发现了驱动突变（AKT1）和受损的肿瘤抑制途径（TP53）。为确保这项研究的准确性和可重复性，使用了一种称为NPARS的软件基础设施和方法，该方法封装了NGS和相关数据、开源软件库和工具版本，以及面向大型和复杂基因组学研究的报告功能。结论：超越描述性分析，向更深入的肿瘤发病机理、行为和治疗预测的功能理解需要一系列定量的分子医学方法和整合。迄今为止，这是一项针对PSP患者的最全面的研究，该肺部罕见肿瘤进行了详细的放射组学、病理组学和基因组分子分析，揭示了发病机理和分子行为方面的见解。在复发的情况下，将根据发现的分子结果提出合理的治疗方案。版权所有©2023 Ma，Peterson，Shin，Muesse，Marino，Steliga，Atiq，Arnaoutakis，Wardell，Wooldridge，Prior和Johann。

Metaproteomics可以提供有关人类肠道微生物群的功能的有价值的洞见，但由于GM的极度复杂性和异质性而具有挑战性。数据无关采集（DIA）质谱（MS）已成为传统蛋白质组学中的新兴定量技术，但在代谢蛋白质组学领域仍处于早期阶段。在此，我们应用了基于无库直接DIA（directDIA）的代谢蛋白质组学，并将directDIA与其他基于MS的代谢蛋白质组学定量技术进行了比较，以模拟微生物群中的微生物社区和粪便样品中含有已知比例的细菌，并展示了直接DIA在识别中的蛋白质组覆盖率以及定量中的准确性和精度方面的出色性能。我们对胰腺癌（PC）和轻度认知障碍（MCI）的两组临床粪便样品中的人类GM进行了表征。每个队列中约有70,000个微生物蛋白质被定量，并注释以对不同疾病中GM的分类学和功能特征进行概述。我们的工作证明了直接DIA在定量代谢蛋白质组学中的实用性，用于研究肠道微生物群及其相关的疾病发病机理。©2023.作者。

大多数人类细胞需要锚定才能存活。细胞与基质附着激活多样的信号通路，如果没有这些通路，细胞会经历一种编程性细胞死亡形式，即离基死亡。获得离基抵抗力是癌症疾病进展的关键步骤，因为转移的细胞通常失去与周围组织的坚固附着。在这些附着不良的状态下，细胞采用球形形态并形成称为泡的小半球形质膜突起。在变形虫运动的背景下，泡的功能已经得到了深入研究，但在其他情况下很少被研究。在这里，我们通过三维成像和细胞形态状态的操作，展示泡触发靠近质膜的信号中心的形成，赋予细胞离基抗性。特别是在黑色素瘤细胞中，泡产生了质膜轮廓，招募了曲率敏感的丝环蛋白蛋白作为构成性活跃突变 NRAS 和效应因子的支架。这些信号中心激活 ERK 和 PI3K，这些是促进细胞存活的路径。抑制泡或丝环蛋白对于附着良好的细胞的生存几乎没有影响，但对于脱落的细胞，它会导致 NRAS 定位错误，减少 MAPK 和 PI3K 活性，并最终导致细胞死亡。这揭示了突变 NRAS 作为有效的癌基因蛋白质的形态学要求。此外，一些 BRAF 基因突变的黑色素瘤细胞在基础状态下不依赖于这条生存途径，但是抑制 BRAF 和 MEK 对泡和丝环蛋白的抑制都具有强烈的敏感性。此外，工程化的成纤维细胞可持续出现泡膜，即使没有携带致癌基因突变也会获得相同的离基抗性。因此，泡是能够将无数细胞信息流整合成有力细胞响应的强大信号质体。在这种情况下，赋予了有力的离基抗性。©2023年作者，独家许可Springer Nature Limited。

自从采用嵌合抗原受体T细胞治疗（CAR-T治疗）极大地改变了B细胞肿瘤的治疗策略以来，各种CAR-T细胞产品已经被开发并应用于髓系和实体瘤的治疗。虽然病毒载体广泛用于产生基因工程T细胞，但基因工程的进展导致了非病毒、基因改良的CAR-T细胞的产生方法。最近的进展揭示了非病毒CAR-T细胞不仅对生产过程的简便性和非病毒载体的可获取性，而且对细胞本身的功能也具有显著的影响。在本综述中，我们重点介绍非病毒、基因改良的CAR-T细胞中基于piggyBac转座子的CAR-T细胞，并讨论它们的特性、临床前开发和最近的临床应用。 © 2023。作者独家授权给日本临床肿瘤学会。

近期免疫检查点阻滞（ICB）的进展提高了失配修复缺陷和微卫星不稳定型结肠癌（dMMR/MSI-H CRC）患者的预后。然而，PD-1阻滞在早期进展性疾病中面临挑战。我们旨在利用体内模型了解ICB耐药的早期事件。我们将MC38结肠癌细胞皮下移植到C57BL / 6小鼠中，静脉注射抗PD-1抗体，然后从复发肿瘤中分离出ICB耐药亚克隆细胞。比较基因表达分析发现，在ICB耐药细胞中显著下调的七个基因。将MC38细胞的每个候选基因敲除对C57BL/6小鼠进行肿瘤形成试验，并通过基因组学分析候选基因的表达与接受免疫治疗的癌症患者结果之间的关系，确定Rtp4（一个受干扰素刺激的基因和G蛋白偶联受体的伴侣蛋白）是参与ICB耐药性的基因。移植瘤组织的免疫组织化学分析表明，在Rtp4-KO MC38细胞中，抗PD-1抗体未能招募T淋巴细胞。小鼠和人体RTP4表达可以通过组蛋白H3赖氨酸9（H3K9）三甲基化被沉默，并且公共转录组数据表明，大多数但不是所有dMMR/MSI-H CRC的RTP4表达水平很高。我们澄清了RTP4可以被组蛋白H3K9甲基化沉默为ICB耐药的早期事件。RTP4表达可作为预测ICB反应的有希望的生物标志物，而表观遗传药物与免疫检查点抑制剂的结合可能对dMMR/MSI-H CRC产生协同效应。©2023年。日本胃肠病学会。

植物化学物质及其衍生物是提高癌症患者治疗效率的良好选择。青蒿素（ART）和二甲双胍（MET）广泛应用于治疗各种类型的癌症。然而，由于剂量依赖性副作用和生物利用度差的原因，它们的应用带来了几个挑战。Niosome是一种新型的纳米载体，是封装亲脂性和亲水性药物的最佳选择。本研究合成和表征了PEG基（聚乙二醇）镍脂质体纳米颗粒的不同配方，同时载荷了ART-MET，并评估了它们对A549肺癌细胞的抗癌作用。采用薄膜水合法制备了PEG基Niosome的不同配方并对其大小、形态、释放模式和物理化学结构进行了表征。通过MTT测定评估了自由ART-MET和优化的PEG基镍脂质体纳米颗粒中ART-MET的细胞毒性。此外，采用实时PCR（RT-PCR）技术评估凋亡和抗凋亡基因表达。优化纳米颗粒的尺寸、封装效率（EE）和聚集度指数（PDI）分别为256 nm、95%和0.202。另外，由于PEG化的亲水性特性，考虑到PEG化对降低镍脂质体大小的高影响。根据MTT测定的结果，自由ART-MET和ART-MET负载的镍脂质体纳米颗粒显示剂量依赖性毒性，并抑制A549肺癌细胞的生长。此外，RT-PCR结果表明，ART-MET负载的镍脂质体纳米颗粒通过抑制抗凋亡和诱导凋亡基因在A549肺癌细胞中的表达具有更高的抗增殖作用。我们的研究表明，在优化的PEG基镍脂质体纳米颗粒递送系统中同时使用ART和MET可能是改善肺癌治疗效果的适当方法。©2023年。作者（及）独占许可证Maj Institute of Pharmacology Polish Academy of Sciences。

N6-甲基腺苷(m6A)是哺乳动物mRNA的常见化学修饰物，并在各种生物过程中表现出高动态。然而，在白血病发生过程中，m6A RNA甲基组的动态仍然未知。在这里，我们勾勒了急性髓性白血病(AML)发展过程中包括了全面的m6A景观，并将PRMT6作为维持AML干细胞的关键因素进行了确认。我们观察到在白血病发生过程中m6A甲基组有明显的变化，并发现蛋白质精氨酸甲基转移酶PRMT6和m6A读取器IGF2BP2维持人类和小鼠白血病干细胞(LSCs)的功能。PRMT6的遗传删除或药物抑制会影响AML的发展和LSC的功能。机制上，IGF2BP2通过m6A介导方式稳定PRMT6 mRNA，PRMT6催化H3R2me2a并抑制脂质转运蛋白MFSD2A表达。PRMT6的丧失会上调MFSD2A的表达，增加二十二碳六烯酸水平，并损害LSC的维持。总的来说，我们的发现揭示了PRMT6-MFSD2A信号轴在AML发展中的关键作用，并提供了一个针对LSC的治疗策略。版权所有©2022 Elsevier Inc.。保留所有权利。

生物体的发育取决于祖细胞内部遗传程序和它们的时空复杂外部环境。从祖细胞中体外生成器官为再现和探索发育提供了一个平台。目前的方法主要依靠可溶性形态因子或工程生物材料来操纵物理环境，但新兴的合成生物学领域提供了一个强大的工具箱，用于基因操纵细胞通讯、粘附甚至细胞命运。将这些模块化工具应用于体外生成器官，应该会导致更深入了解发育原理、改进器官模型，并增强设计组织用于再生目的的能力。