成年人的组织学低级星形细胞瘤（LGAs）根据异柠檬酸脱氢酶（IDH）基因的突变状态进行分类。野生型（WT）LGAs通常很快发展为胶质母细胞瘤（GBM），而突变肿瘤通常会呈缓慢进展。为了找到可能影响不同行为的因素，我们比较了它们各自的转录组。与突变型LGAs不同，血小板源性生长因子（PDGF）信号在WT肿瘤中显著富集，而PDGFA是该通路中最高的过度表达基因。此外，PDGFA和PDGFD启动子的甲基化出现为突变型肿瘤中的低表达提供可能机制。基因拷贝数增加的7号染色体与WT病例中PDGFA的高表达同时出现，而高水平的PDGFA表达与异倍体、细胞外基质（ECM）相关的免疫抑制特征和不良预后相关。我们还注意到，WT病例中的高PDGFA表达与肿瘤等级无关，并且在PDGFA过表达肿瘤的进展中 Begind：出现多种p53通路失活机制。相反，TP53点突变是突变型LGAs的早期和恒定特征。我们的结果表明，PDGF基因家族的成员，与不同的p53通路改变一起，是LGA行为的基础。 ©2023作者（S）。

由于潜伏期长且起病缓慢，慢性疾病已经成为全球主要的疾病负担。然而，当前的基于基因标记或影像分析的慢性疾病诊断方法由于成本高且不能普及，因此很难完全推广。本研究分析了32,448名患者的常规血液和生化检测数据，并开发了一种新的成本效益高、准确性高（AUC 87.32%）的慢性疾病预测框架。基于表现最佳的XGBoost算法，进一步构建了20个分类模型，包括9种癌症、5种心血管疾病和3种精神疾病中的17种慢性疾病类型。模型对于心脏癌的最高准确度为90.13%，对于直肠癌的最低准确度为76.38%。 SHAP算法对模型进行了解释，表明CREA、R-CV、GLU和NEUT%可能是识别大多数慢性疾病的重要指标。PDW和R-CV也被发现是分类三种慢性疾病（心血管疾病、癌症和精神疾病）的关键指标。此外，R-CV对癌症的特异性更高，ALP对心血管疾病更高，GLU对精神疾病更高。进一步揭示了慢性疾病之间的关联。最后，我们建立了一个用户友好的可解释的基于机器学习的临床决策支持系统（DisPioneer：http://bioinfor.imu.edu.cn/dispioneer），以协助预测、分类和治疗慢性疾病。这项成本效益高、简单的血液检测工作将使更多的人受益，推动临床实施和进一步研究慢性疾病的预防和监测计划。 ©作者（们）2023。 版权所有的牛津大学出版社出版。保留所有权利。有关权限，请发送电子邮件至：journals.permissions@oup.com。

近年来，空间转录组学的进展使得基因表达在细胞/斑点分辨率下进行测量，同时保留组织的空间信息和组织学图像。准确地识别斑点的空间域是空间转录组学分析中各种下游任务的关键步骤。为了去除基因表达中的噪声，已经开发了几种方法来将组织病理学图像与空间转录组学数据分析相结合。然而，这些方法要么仅使用图像进行斑点的空间关系，要么单独学习基因表达和图像的嵌入，而没有完全耦合这些信息。在这里，我们提出一种新的方法ConGI，通过对比学习来准确地利用基因表达与组织学图像的空间域。具体来说，我们设计了三个对比损失函数，在两种模态之间（基因表达和图像数据）内部和之间来学习共同的表示。学习到的表示然后被用于在肿瘤和正常的空间转录组学数据集上聚类空间域。结果表明，ConGI在空间域的识别方面优于现有的方法。此外，所学的表示也显示出在各种下游任务，包括轨迹推断、聚类和可视化方面具有强大的功能。©作者（们）2023。由牛津大学出版社出版。保留所有权利。如需授权，请发送电子邮件至：journals.permissions@oup.com。

Copy number alterations (CNAs) 是人类癌症中基因改变的主要来源，对癌症进展起着重要作用。然而，我们仍然缺乏关于 CNA 的突变过程和特征的全面理解。在这里，我们开发了一种机制不可知的方法，基于不同的片段属性对 CNA 进行分类，这些属性反映了致突变过程的后果，可以从不同类型的数据中提取，包括全基因组测序（WGS）和单核苷酸多态性（SNP）芯片。从2778个全癌症分析的 WGS 样本中提取了14个 CNA 特征，随后使用 10 851个癌症基因组图谱 SNP 芯片数据集进行进一步验证。通过这项研究，揭示了一些新型 CNA 的模式。一些 CNA 特征的活动始终预测癌症患者的预后。本研究提供了一种理解癌症中 CNA 特征的库，可能对癌症的预后、演变和病因产生影响。© 作者 2023。本文由牛津大学出版社发表。

细胞状态转换可以在时间分辨的生物现象中揭示单细胞核糖核酸(RNA)测序数据的附加信息。然而，大多数当前方法是基于基因表达状态的时间导数，这限制了它们对细胞状态短期演变的研究。在这里，我们提出了单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的状态转换跨样品(scSTAR)方法，通过使用偏最小二乘和最小二乘误差方法，构建生物条件之间的成对细胞投影，以最大化两个特征空间之间的协方差，从而克服了这一限制。在老鼠衰老数据中，发现CD4+记忆T细胞亚型对应应激反应与衰老相关。识别了一种mTORC活化的新型Treg亚型与抗肿瘤免疫抑制相关，这得到了来自The Cancer Genome Atlas计划的11种癌症免疫荧光显微镜和生存分析的证实。在黑色素瘤数据中，scSTAR将免疫疗法反应预测准确度从0.8提高到0.96。©作者(们) 2023年。由牛津大学出版社出版。版权所有。请发送电子邮件至journals.permissions@oup.com以获得授权。

单细胞核糖核酸测序（scRNA-seq）是研究细胞异质性的强大工具。该技术产生的高维数据复杂且需要专业的分析和解释技能。scRNA-seq数据分析的核心包含数个关键分析步骤，包括预处理、质量控制、标准化、降维、整合和聚类。每个步骤通常都有许多基于不同前提和影响的算法开发而成。有许多不同的工具可供选择，基准分析已比较它们的性能，并表明这些工具根据数据类型和复杂度的不同会有不同的表现。本文介绍综合基准scRNA-seq分析流程（IBRAP），它包含一系列可在整个流程中交换的分析组件以及多种基准指标，使用户能够比较结果并确定其数据的最佳流程组合。我们应用IBRAP进行单个和多个样品的整合分析，使用主胰腺组织、癌细胞系和模拟数据以及基准真实细胞标签，并展示了IBRAP的可交换性和基准功能。我们的结果证实最佳流程取决于个别样本和研究，进一步支持了我们的工具的合理性和必要性。然后，我们比较了包含在IBRAP中的基于参考的细胞注释和无监督分析，并证明了基于参考的方法在识别稳健的主要和次要细胞类型方面的优越性。因此，IBRAP是一个有价值的工具，可以集成多个样品和研究，创建正常和疾病组织的参考图，利用scRNA-seq数据的广泛量进行新的生物学发现。©作者（2023）。由牛津大学出版社出版。

估计非职业性体育活动与成年人普遍患有的多种慢性疾病和死亡结果之间的剂量-反应关系。系统性回顾和队列级别的剂量-反应Meta分析。参考了PubMed、Scopus、Web of Science和已发表研究的参考文献清单。前瞻队列研究样本包括(1)10,000名成年人普遍受众、(2)≥3种体育活动类别、(3)所有-导致死亡或全心血管疾病或冠心病或中风或心力衰竭或全癌症或特定部位癌症(头颈部、骨髓性白血病、骨髓瘤、胃贲门、肺、肝、子宫内膜、结肠、乳腺、膀胱、直肠、食管、前列腺、肾) 的风险度量和置信区间。共纳入 196 篇文章，涉及 94 个队列和超过 3000 万参与者。最大的证据基础为全因死亡率(50 个单独结果；163 415 543 人年，811 616 次事件)，心血管疾病的发生率(37 个结果；28 884 209 人年，74 757 次事件)和癌症的发生率(31 个结果；35 500 867 人年，185 870 次事件)。一般而言，更高的活动水平与所有结果的风险降低相关。在0到8.75个边际代谢当量小时/周(mMET-hours/week)之间的风险差异更大，之后从这一水平到17.5 mMET-hours/week的风险差异较小且不确定。与癌症死亡率相比，全因死亡率(8.75 mMET-hours/week的相对危险度(RR)：0.69，95% CI 0.65 to 0.73)和心血管疾病(8.75 mMET-hours/week的 RR：0.71，95% CI 0.66 to 0.77)的关联更强。如果所有身体活动不足的人达到 8.75 mMET-hours/week，可以避免 15.7%(95% CI 13.1 to 18.2)的所有过早死亡。非线性反向剂量反应关系表明，不活跃成年人即使稍微增加非职业性体育活动也能够对一系列慢性疾病结果提供实质性保护。PROSPERO注册号CRD42018095481.©作者(或其雇主) 2023年。在 CC BY 许可下重新使用。由BMJ出版。

职场暴露于太阳紫外线（UV）会引起恶性黑色素瘤和非黑色素瘤皮肤癌。有关太阳紫外线暴露对于降低其他癌症风险的有益影响的证据正在增加。地球表面的紫外线辐射强度取决于纬度，但即使在北欧国家，户外工作引起皮肤癌的紫外线暴露也可能足够高。对于职业性太阳紫外线暴露的健康风险和益处的认识很差。已经确定了减少皮肤癌风险的行动，雇主应该认识到他们有责任积极管理这些风险。有证据表明，太阳紫外线暴露与乳腺癌、卵巢癌和结肠直肠癌等癌症的风险降低有关。本综述文章依据已发表的科学文章和旨在辅助识别保护工人免受太阳紫外线暴露的策略的材料。太阳紫外线暴露可能会有害。紫外线B波段的波长更有效地引起红斑和DNA损伤。太阳紫外线是大多数人维生素D的主要来源。皮肤癌的初级和二级预防有可能消除这些风险，但有效性证据有限。太阳紫外线暴露的潜在健康益处，特别是降低癌症风险。确定并传达最佳暴露以最大化健康益处。在温和纬度一些工人的非黑色素瘤皮肤癌的风险可能会增加一倍以上。暴露-反应流行病学研究；职业暴露于紫外线的健康益处研究；干预策略防止皮肤癌效果研究。在工作场所使用低成本紫外线传感器。©作者（们）2022年出版，牛津大学出版社发行。

一个工作年龄段的癌症幸存者数量正在增加。我们需要了解与不良工作结果有关的因素和支持介入。通过多个数据库（包括 Medline 和 PsycINFO）获得的研究进行了叙述性综述。多种因素与癌症幸存者的不良工作结果有关，例如长期病假、延迟返工、残疾退休金和失业。这些因素包括癌症类型和治疗方法、疲劳、认知功能、工作因素和卫生保健系统的成分。有效的支持性介入包括身体和多元介入。行为决定因素以及立法和保险制度的作用尚不清楚。此外，不确定提供支持性介入的最佳时间。我们需要进一步关注脆弱群体，包括特定癌症类型以及收入较低、教育水平较低和就业不稳定的人群。最近的发展是量身定制的及时干预。 © 作者 (2022)。由牛津大学出版社出版。版权所有。欲获得权限，请发送电子邮件至 journals.permissions@oup.com。

进行了一项对比试验，旨在确定由专业护士提供的咨询服务是否可以预防乳房切除术和乳腺癌相关的心理疾病。75名患者接受了护士的咨询服务并在随访期间接受监测，而77名患者仅接受了外科病房通常提供的护理。咨询未能预防发病率，但护士对女性进展的常规监测使她能够辨认并转介了76%需要心理帮助的患者。相比之下，仅有15% 的对照组患者的状况被识别并转介。因此，在乳房切除术后的12至18个月期间，接受咨询服务的群体（12%）的心理疾病要比对照组（39%）的患者轻得多。这些发现突出了接受乳房切除术的患者心理疾病的高发情况，并表明有必要找到减少这种发病率的方法。