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BIOINFORMATICS
2023 Feb 24
AdamStreck,TomLKaufm...
SMITH: Spatially Constrained Stochastic Model for Simulation of Intra-Tumour Heterogeneity.
BIOINFORMATICS
癌症演化模拟对于研究细胞健康度中选择和突变速率的影响非常有用。然而，大多数方法基于晶格且无法模拟真实大小的肿瘤，或者忽略空间约束且缺乏真实肿瘤的克隆动力学。SMITH是一种高效且可解释的癌症演化模型，结合了分支过程和新的约束机制，该机制基于个体克隆大小和整个肿瘤种群的大小限制克隆生长。我们证明了约束足以在肿瘤类型、空间模型和癌症样本中诱导丰富的克隆动态，并允许在桌面PC上在短时间内模拟十亿个细胞的清晰几何解释和模拟。SMITH是C#实现的，可在https://bitbucket.org/schwarzlab/smith免费使用。我们提供了配套的Python包PyFish进行可视化，可在https://bitbucket.org/schwarzlab/pyfish获取。补充数据可在Bioinformatics在线获得。
©作者（2023）。由牛津大学出版社出版。
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BIOINFORMATICS
2023 Feb 03
PooyaBorzou,JafarGha...
A novel strategy for dynamic modeling of genome-scale interaction networks.
BIOINFORMATICS
近期的Omics数据的可用性使得构建众多角色扮演生物分子之间的整体互动图成为可能。然而，这些网络通常是静态的，忽略了生物过程的动态行为。另一方面，动态模型通常是小规模构建的。因此，构建能够量化预测时间课程细胞行为的大规模动态模型仍然是一个巨大的挑战。本研究提出了一个流程，用于自动构建大规模动态模型。该流程采用给定现象中一系列生物分子及其时间课程轨迹作为输入。首先，构建生物分子的互动网络。为了说明每个互动的基础分子事件，将其转化为生化反应图。接下来，为每个涉及的生物分子定义反应动力学方程（ODE）。最后，通过一种新颖的大规模参数近似方法估计ODE系统的参数。模拟大肠癌细胞系对不同化疗方案的响应，证明了该流程的高性能。总之，系统蛋白质关联动态分析仪构建了基因组水平的动态模型，填补了大规模静态和小规模动态建模策略之间的差距。这种模拟方法允许进行全面的定量预测，对于精准医疗中治疗干预的模拟至关重要。有关构建的大规模结肠癌模型的详细信息可在补充数据中获得。SPADAN工具箱源代码也可以在GitHub（https://github.com/PooyaBorzou/SPADAN）上找到。补充数据可在Bioinformatics在线获取。©2023年作者（们）发表于牛津大学出版社。
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Jan
GangWang,XianliHe,Qi...
Intratumoral bacteria are an important "accomplice" in tumor development and metastasis.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
作为新兴的肿瘤组分，肿瘤内细菌已经在许多实体肿瘤中被发现。多项研究已经表明，不同的癌症亚型拥有不同的微生物组成，机制研究也表明，肿瘤内菌可以通过 DNA 损伤、表观遗传修饰、炎症反应、调节宿主免疫和激活癌基因或致癌通路来促进癌症的发生和进展。此外，肿瘤内细菌已被证明可以调节肿瘤转移和化疗反应。更好地了解肿瘤微环境及其相关微生物群落将有助于设计新的代谢工程菌株，开启肿瘤内细菌为基础的癌症治疗新时代。然而，许多问题仍需解决，比如肿瘤内细菌的起源和是否存在肿瘤易感性与肿瘤内细菌之间的直接因果关系。此外，适合的临床前模型和更先进的检测技术对于研究肿瘤内细菌的生物学功能至关重要。在本综述中，我们总结了肿瘤内细菌在调节癌症发展和转移中的复杂作用，并讨论了它们的致癌机制和潜在治疗方面。版权所有 © 2022 Elsevier B.V.
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Jan
YilanHuang,SiweiWang...
Ferroptosis and its interaction with tumor immune microenvironment in liver cancer.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
在全球范围内，探索有效的系统性肝癌治疗仍然是一个巨大的挑战。作为一种新型的调节性细胞死亡形式，铁死亡在癌症研究领域越来越受到关注。近年来，针对铁死亡成为了肝癌治疗的一种有希望的策略。引导铁死亡可直接杀死癌细胞；相反，铁死亡也可改善肿瘤免疫抑制微环境并增强免疫治疗的癌症敏感性。在此，我们全面总结了肝脏中铁稳态的当前进展、铁稳态失衡与肝癌发生和发展的内在关联，以及肝癌中的铁死亡相关调节因子。此外，我们深入讨论了铁死亡与肿瘤免疫微环境的相互作用。最后，我们确信地提供了铁死亡在肝癌免疫治疗中的潜在价值的未来展望。版权©2023 Elsevier B.V.保留所有权利。
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Jan
PinchaoFan,KunXu
Antibody-drug conjugates in breast cancer: Marching from HER2-overexpression into HER2-low.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
近十年来，抗体药物复合物（ADCs）在包括乳腺癌在内的实体肿瘤中蓬勃发展。 ADCs结合了单克隆抗体的专属性和细胞毒性药物的强效性，能够通过施加特殊的旁观效应，将细胞毒素直接传递到表达异质抗原的肿瘤细胞及其周围的协同反应者。截至目前，有三种ADCs（T-DM1，T-DXd和SG）已获批正式上市并在乳腺癌的临床实践中得到应用，许多有前途的产品仍在研发中。作为一种前所未有的乳腺癌亚型，在实现固化药物疗效之后，以往认为缺乏明确靶点和有效疗法的HER2-低人群的认知和治疗范式已经被ADCs彻底改写，并在正在进行的试验中取得了一些令人鼓舞的成就。在此，我们将讨论HER2过度表达和HER2-低乳腺癌中ADCs的构思知识，最新进展和未来视角。版权所有 © 2022 Elsevier B.V.。保留所有权利。
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Jan
QiyunShi,JunchengXuh...
Predictive and prognostic value of PIK3CA mutations in HER2-positive breast cancer treated with tyrosine kinase inhibitors: A systematic review and meta-analysis.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
这项系统评价和荟萃分析研究调查了PIK3CA突变对使用酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗HER2阳性乳腺癌的预测和预后价值。在Medline、Embase和Cochrane图书馆数据库中搜索到17项符合条件的研究（共1706名患者）。在10项新辅助疗法研究中，野生型PIK3CA（WT）患者的病理完全缓解率显著高于突变型PIK3CA（MT）患者（OR=0.45，95% CI=0.31-0.65，P<0.001）。在5项转移疗法研究中，野生型患者的汇总客观缓解率显著高于突变型患者（OR=0.40，95% CI=0.23-0.70，P=0.001）。4项转移疗法研究表明，PIK3CA突变与进展无病生存和总生存率差的关系具有边际显著性。因此，PIK3CA突变对使用TKI含量方案治疗早期/晚期HER2阳性乳腺癌的治疗反应具有预测价值。版权所有©2023 Elsevier B.V.。保留所有权利。
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Jan
FloraGouzerh,GuilaGa...
Ability of animals to detect cancer odors.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
动物的嗅觉能力长期以来被人类用来帮助各种活动，例如狩猎、侦测地雷、搜寻人员和诊断疾病。癌症是全球导致死亡的主要疾病之一。最近的几项研究强调使用气味检测癌症的益处，本文将回顾利用动物检测肿瘤气味的研究。大量的动物被用于此目的-狗、啮齿动物、昆虫和线虫，并显示出了近乎90%的成功率来检测癌症。在这里，我们讨论这些研究、它们的方法以及所使用的动物模型。最后，我们讨论利用气味诊断癌症的医学视角。版权所有©2022 Elsevier B.V.
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Jan
PratimaRaut,RamaKris...
Clinical and Molecular Attributes and Evaluation of Pancreatic Cystic Neoplasm.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
胰管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs）和黏液性囊性肿瘤（MCNs）都被认为是“胰腺囊性肿瘤（PCNs）”，并显示出发展成胰管腺癌（PDAC）的不同风险。这些病变显示出不同的分子特征、突变和临床表现。对PCN亚型特征及其分子机制的缺乏详细理解限制了这些病变的有效诊断工具和治疗策略的开发。还需要适当的体内小鼠模型来模拟人类PCNs以研究分子机制和治疗测试。全面了解PCN生物学、机制、当前诊断方法和治疗方案的现状将有助于早期发现和正确管理这些病变和PDAC的患者。本文旨在通过描述未来展望来描述PCNs方面的所有这些方面，特别是IPMNs。 版权所有©2022 Elsevier B.V。保留所有权利。
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Feb 13
SonaliMohanty,SiktaP...
Proteins and their functionalization for finding therapeutic avenues in cancer: Current status and future prospective.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
尽管医疗保健部门发展迅猛，癌症仍是全球第二致命疾病。目前常规癌症治疗主要包括化疗和放疗，但这些疗法往往伴有少至严重的副作用，而放疗通常又十分昂贵。为了克服这些问题，针对性纳米载体已被用于输送化疗药物。然而，最近对几种具有抗癌活性的蛋白质的使用报告，并进一步将它们用作药物载体，引起了对癌症治疗研究的极大关注。生物分子，特别是蛋白质，由于生物相容性、生物降解性和结构灵活性等多种有利属性而成为癌症治疗的可行替代品。多项体外和体内研究表明，从动物、植物和细菌物种中提取的各种蛋白质，在其本身和不同的结构构像下，对恶性细胞表现出强烈的细胞毒性和抗增殖特性。此外，这些蛋白质的表面调控特性有助于结合各种抗癌药物和靶向配体，从而使它们成为癌症治疗中有效的输送剂。本文讨论了从通用外源源获得的各种蛋白质及其如何转化为有效的抗癌剂。我们还全面讨论了不同膳食蛋白质如牛α-乳清蛋白和鸡蛋白溶菌酶及其共轭物的肿瘤杀灭机制。我们还阐述了如何将蛋白质纳米结构用作输送癌症药物和疗效学的载体，以及为提高它们的体内输送和靶向而采用的各种策略。我们还讨论了FDA批准的基于蛋白质的抗癌制剂以及处于不同临床试验阶段的制剂。版权所有©2023 Elsevier B.V.。
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BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
2023 Feb 13
DarrenChenPeiWong,Je...
The mechanobiology of NK cells- 'Forcing NK to Sense' target cells.
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-REVIEWS ON CANCER
自然杀伤细胞（NK细胞）是一种固有免疫淋巴细胞，能够识别和杀死癌细胞和感染细胞，这使它们成为新一代免疫治疗中独特的“现成”候选者。在稳态和病理生理学中的生物机械力对NK免疫反应累积了额外的免疫调节。实际上，细胞和组织生物力学影响NK受体聚集、细胞骨架重构、NK通过内皮细胞迁移、细胞核力学，甚至NK树突细胞相互作用，为NK免疫治疗提供了大量未被探索但重要的动态调节方式。这些事件因人类NK细胞的异质性而更加复杂。一个重要的问题仍然存在，那就是生化和生物力学提示如何协同作用于NK细胞力传导，这是一种过程，其中感知、传导和转化为下游机械和生化信号的机械力量被感知。在这里，我们回顾了最近对NK细胞如何感知和力传导生物物理信号的理解方面的进展。我们重点关注细胞骨架交互作用如何调节NK细胞功能，并意识到NK细胞的异质性、直接和间接的机械信号对NK抗肿瘤活性的影响，最后，系统层面上与NK细胞生物学有翻译相关性的工程进展。版权所有 © 2023 作者。由 Elsevier B.V. 发布。保留所有权利。
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